Fudzsiban némileg javultak a körülmények a harmadik szabadedzés óta, bár az ideálistól még így is messze voltak. Az eső is esett a kvalifikáció előtt, és a köd sem oszlott el teljesen, de a tervezett időpontban, magyar idő szerint reggel hét órakor megkezdődhetett a kvalifikáció.

Az FIA ugyanakkor bejelentette, hogy az időmérő edzés adott esetben megszakítható. Ha erre kerülne sor, akkor helyi idő szerint 16 óráig (magyar idő szerint 9-ig) várnának a folytatással. Amennyiben nem javulnának a pályaviszonyok, akkor a mezőny vasárnap fejezné be a kvalifikációt.

Első etap

Az első mért kört Takuma Szato teljesítette a vizes aszfalton, a japán 1:30-on kívülre került. A Super Aguri mögött érkezők azonban már lényegesen gyorsabbak voltak. Fernando Alonso 1:25.96-os idővel hamar az élre állt, a többiek messze elmaradtak a spanyol mögött.

Kezdetben főként az extrém esőgumikkal kísérleteztek a pilóták, ám a folytatásban az intermediate abroncsok kerültek előtérbe, hiszen némileg javultak a körülmények.

A helyezések folyamatosan változtak, a hajrában még Lewis Hamilton, Giancarlo Fisichella és Nick Heidfeld is kieső helyen volt, de mindhárman könnyedén továbbléptek.

Ralf Schumacher is továbbjutott, de a német az utolsó pillanatokban hibázott, és nekicsúszott Szakon Jamamoto autójának. A német Toyotájának hátsó szárnya és kerékfelfüggesztése is megsérült, ezzel az autóval biztosan nem folytathatja a körözést. Amennyiben átül a tartalékautóba, akkor 10 helyes rajtbüntetéssel kell számolnia.

Kiesett viszont a két japán, Takuma Szato és a már említett Jamamoto is. A hazai pályán versenyző pilóták csapattársai, Anthony Davidson és Adrian Sutil is elbuktak az első negyedórában.

Rajtuk kívül a szintén japán vonatkozású Honda pilótája, Rubens Barrichello is búcsúzott, de Alexander Wurz is korán befejezte a szombati programot.

Japán Nagydíj időmérő 1. etap
Poz	Pilóta	Csapat	Idő
1.	Felipe Massa	Ferrari	1:25.359
2.	Fernando Alonso	McLaren-Mercedes	1:25.379	+0.02
3.	Kimi Räikkönen	Ferrari	1:25.390	+0.030
4.	Lewis Hamilton	McLaren-Mercedes	1:25.489	+0.13
5.	Mark Webber	Red Bull Racing	1:25.970	+0.611
6.	Nick Heidfeld	BMW-Sauber	1:25.971	+0.612
7.	Sebastian Vettel	Scuderia Toro Rosso	1:26.025	+0.666
8.	Robert Kubica	BMW-Sauber	1:26.300	+0.941
9.	Nico Rosberg	WilliamsF1	1:26.579	+1.22
10.	Jenson Button	Honda Racing	1:26.614	+1.255
11.	Jarno Trulli	Toyota	1:26.711	+1.352
12.	David Coulthard	Red Bull Racing	1:26.904	+1.545
13.	Giancarlo Fisichella	Renault F1	1:26.909	+1.55
14.	Ralf Schumacher	Toyota	1:27.191	+1.832
15.	Heikki Kovalainen	Renault F1	1:27.223	+1.864
16.	Vitantonio Liuzzi	Scuderia Toro Rosso	1:27.234	+1.875
17.	Rubens Barrichello	Honda Racing	1:27.323	+1.964
18.	Alexander Wurz	WilliamsF1	1:27.454	+2.095
19.	Anthony Davidson	Super Aguri	1:27.564	+2.205
20.	Adrian Sutil	Spyker	1:28.628	+3.269
21.	Takuma Szato	Super Aguri	1:28.792	+3.433
22.	Szakon Jamamoto	Spyker	1:29.668	+4.309

Második etap

Az időmérő középső szakaszában is érvényesült az, ami esős pályán szokott, vagyis a csapatok közti különbségek eltűntek, bár az élen a két McLaren és a két Ferrari tanyázott.

Sebastian Vettel viszont remekelt a Toro Rossóval, a fiatal német a 10. helyen továbblépett, ez pedig az újonc legjobb Forma-1-es kvalifikációs szereplését jelenti.

A Renault viszont csak vergődött, Giancarlo Fisichella és Heikki Kovalainen is hiába ostromolta a 10., még továbbjutást érő pozíciót, mindketten kiestek, így csak a középmezőnyből, a 11. és 12. helyről rajtolhatnak vasárnap. Az olasz-finn duó mögött David Coulthard végzett.

Ralf Schumacher szerelői végül úgy döntöttek, hogy a német nem vesz részt az időmérő edzés további részében, és a rajtbüntetés elkerülése miatt inkább megjavítják a sérült autót. A toyotás pilóta a 16. rajtkockából indulhat.

A hazai versenyére készülő Toyota másik versenyzője, Jarno Trulli is ekkor búcsúzott, ami meglepetés, hiszen az olasz általában száraz pályán is be szokott kerülni a legjobb tízbe. A két Toyotás Vitantonio Liuzzit fogta közre, aki a 15. rajtkockát csípte el.

A legjobb idővel Lewis Hamilton lépett tovább.

Japán Nagydíj időmérő 2. etap
Poz	Pilóta	Csapat	Idő
1.	Lewis Hamilton	McLaren-Mercedes	1:24.753
2.	Fernando Alonso	McLaren-Mercedes	1:24.806	+0.053
3.	Kimi Räikkönen	Ferrari	1:24.988	+0.235
4.	Felipe Massa	Ferrari	1:25.049	+0.296
5.	Nick Heidfeld	BMW-Sauber	1:25.248	+0.495
6.	Jenson Button	Honda Racing	1:25.454	+0.701
7.	Robert Kubica	BMW-Sauber	1:25.530	+0.777
8.	Mark Webber	Red Bull Racing	1:25.535	+0.782
9.	Nico Rosberg	WilliamsF1	1:25.816	+1.063
10.	Sebastian Vettel	Scuderia Toro Rosso	1:25.909	+1.156
11.	Giancarlo Fisichella	Renault F1	1:26.033	+1.28
12.	Heikki Kovalainen	Renault F1	1:26.232	+1.479
13.	David Coulthard	Red Bull Racing	1:26.247	+1.494
14.	Jarno Trulli	Toyota	1:26.253	+1.5
15.	Vitantonio Liuzzi	Scuderia Toro Rosso	1:26.948	+2.195
16.	Ralf Schumacher	Toyota	idő nélkül	+-24.7

Harmadik etap

Az utolsó etap a szokásos üzemanyag-fogyasztósdival kezdődött, és Sebastian Vettel-parádéval folytatódott. A Toro Rosso sofőrje ugyanis nem elégedett meg azzal, hogy bekerült a legjobb tízbe, ott is villogott.

Eső ide vagy oda, a pole pozícióért ezúttal is csak a két McLaren és a két Ferrari volt versenyben, a többiek még ilyen körülmények közt sem tudtak beleszólni a "nagyok" dolgába.

Az élen sokáig Fernando Alonso állt, aki a hajrában még javított is saját idején. Azonban a spanyolnak ez sem volt elég, ugyanis Lewis Hamilton 7 századot rávert, így az újoncé lett az első rajtkocka.

Japán Nagydíj időmérő 3. etap
Poz	Pilóta	Csapat	Idő
1.	Lewis Hamilton	McLaren-Mercedes	1:25.368
2.	Fernando Alonso	McLaren-Mercedes	1:25.438	+0.07
3.	Kimi Räikkönen	Ferrari	1:25.516	+0.148
4.	Felipe Massa	Ferrari	1:25.765	+0.397
5.	Nick Heidfeld	BMW-Sauber	1:26.505	+1.137
6.	Nico Rosberg	WilliamsF1	1:26.728	+1.36
7.	Jenson Button	Honda Racing	1:26.913	+1.545
8.	Mark Webber	Red Bull Racing	1:26.914	+1.546
9.	Sebastian Vettel	Scuderia Toro Rosso	1:26.973	+1.605
10.	Robert Kubica	BMW-Sauber	1:27.225	+1.857